始建于1975年，包含光明院區(qū)、福田院區(qū)、針灸醫(yī)院和科教中心“一院四區(qū)”，下屬機構有深圳市中醫(yī)藥研究所、深圳市國醫(yī)之窗中醫(yī)藥人才培訓中心、深圳市中藥制劑中心。醫(yī)院于1995年成為全國首批三級甲等中醫(yī)醫(yī)院; 1998年成為廣州中醫(yī)藥大學首家非直屬附屬醫(yī)院; 2012年成為廣州中醫(yī)藥大學第四臨床醫(yī)學院; 2019年成為南京中醫(yī)藥大學附屬深圳醫(yī)院; 2021年入選廣東省高水平醫(yī)院重點建設醫(yī)院。在國家三級公立醫(yī)院績效考核連續(xù)兩年獲得國家監(jiān)測指標等級A+,通過國家互聯(lián)互通標準化成熟度五級乙等，是全國目前唯一通過六級電子病歷評審的中醫(yī)醫(yī)院。

醫(yī)院現(xiàn)有職工2500余人，其中衛(wèi)生技術人員2300余人，高級職稱600余人，國家、省、市名優(yōu)中醫(yī)近60人。醫(yī)院醫(yī)療設備總值超過8億元，擁有多臺科研型MRI和CT機、數(shù)字體化手術室、3D腹腔鏡、 四維高端彩超等高精尖醫(yī)療設備。目前，醫(yī)院年門急診量210萬余人次，開放床位近1000張，年出院病人4萬人次。醫(yī)院是華南區(qū)中醫(yī)肝病診療中心聯(lián)盟、深圳市中醫(yī)醫(yī)療聯(lián)盟、深圳治未病聯(lián)盟、深圳市中醫(yī)男科醫(yī)療技術專業(yè)聯(lián)盟、粵港澳大灣區(qū)中醫(yī)藥臨床傳承創(chuàng)新研究中心抗痛風聯(lián)盟、深圳市中醫(yī)護理區(qū)域聯(lián)盟牽頭單位。